Theo công văn số 9674/CT-TT&HT do cục thuế Bình Dương ban hành ngày 19 tháng 09 năm 2012, trường hợp cá nhân không kinh doanh cung cấp dịch vụ tư vấn về chuyên môn, kỹ thuật phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của Công ty, thì khoản chi phí tư vấn do cá nhân không kinh doanh cung cấp Công ty được hạch toán vào chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế TNDN. Để có cơ sở hạch toán vào chi phí được trừ thì Công ty phải có hợp đồng tư vấn đã ký kết với cá nhân, kèm theo phiếu chi có đầy đủ chữ ký của người có liên quan. Đồng thời Công ty có trách nhiệm khấu trừ thuế TNCN theo quy định tại Điều 1 Thông tư số 113/2011/TT-BTC ngày 04/08/2011 của Bộ Tài Chính.

Theo công văn số 2836/TCT-TNCN do Tổng Cục Thuế ban hành ngày 09/08/2012, trường hợp cá nhân có thu nhập tại một nơi, nhưng phải khai thuế tại hai nơi và được áp dụng xóa bỏ việc đánh thuế hai lần tại Việt Nam thì được lựa chọn một trong hai cách sau:

• Cách 1:
  Cá nhân thực hiện khấu trừ số thuế đã nộp tại nước ngoài một lần vào cuối năm theo hướng dẫn tại khoản 3, Điều 37, Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài Chính. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán qua đơn vị trả thu nhập thì đơn vị trả thu nhập có trách nhiệm quyết toán cho cá nhân và thực hiện nhận hồ sơ đề nghị khấu trừ số thuế đã nộp tại nước ngoài để nộp cho cơ quan thuế.

• Cách 2:
  Đơn vị trả thu nhập được phép tạm khấu trừ số thuế đã nộp hàng tháng tại nước ngoài vào số thuế khấu trừ hàng tháng của cá nhân tại Việt Nam. Căn cứ để xác định số thuế được tạm khấu trừ là tờ khai thuế TNCN ở nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế. Số thuế được trừ của từng tháng theo quy định có thể được tạm trừ vào bất kỳ tháng nào trong cùng kỳ tính thuế. Cá nhân đã tạm khấu trừ thuế nộp tại nước ngoài trong năm, đến cuối năm phải lập Hồ sơ đề nghị khấu trừ số thuế đã nộp tại nước ngoài theo hướng dẫn tại khoản 4, Điều 37 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính. Đối với cá nhân ủy quyền quyết toán qua đơn vị trả thu nhập thì đơn vị trả thu nhập có trách nhiệm quyết toán cho cá nhân và thực hiện nhận Hồ sơ đề nghị khấu trừ số thuế đã nộp tại nước ngoài để nộp cho cho cơ quan thuế.

Theo công văn số 6805/CT-TTHT do Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh ban hành ngày 07/09/2012, trường hợp công ty khi chi trả tiền lương cho nhân viên bằng đồng ngoại tệ thì công ty phải quy đổi ra đồng Việt Nam theo tỷ giá bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng tại thời điểm phát sinh thu nhập để tính thuế TNCN. Trường hợp công ty chi trả tiền lương là đồng ngoại tệ không có tỷ giá hối đoái giao dịch bình quân liên ngân hàng so với đồng Việt Nam thì công ty phải quy đổi thông qua một loại ngoại tệ có tỷ giá hối đoái bình quân liên ngân hàng so với đồng Việt Nam (Công ty có thể sử dụng tỷ giá chéo giữa đồng Việt Nam với một số ngoại tệ áp dụng tính thuế xuất nhập khẩu trên trang Web của Ngân Hàng nhà nước Việt Nam.

Theo công văn số 3000/TCT-KK do Tổng Cục Thuế ban hành ngày 21/08/2012, thì đối với hoạt động bán buôn, bán lẻ vãng lai ngoại tỉnh, công ty sử dụng mã số thuế 10 số của công ty để thực hiện nộp thuế GTGT tạm tính theo tỷ lệ 2% đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10% hoặc theo tỷ lệ 1% đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5% trên doanh thu hàng hóa, dịch vụ chưa có thuế GTGT với cơ quan thuế địa phương nơi các chi nhánh kinh doanh, bán hàng. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được trừ vào số thuế GTGT phải nộp theo tờ khai thuế GTGT của công ty tại cục thuế địa phương.

Theo công văn số 3000/TCT-KK do Tổng Cục Thuế ban hành ngày 21/08/2012, trường hợp các chi nhánh của công ty sử dụng chung mẫu hóa đơn, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo lệnh điều động nội bộ do công ty phát hành thì trước khi sử dụng các hóa đơn, chứng từ kể trên, công ty phải lập thông báo phát hành theo mẫu quy định gửi Cục Thuế đối với hóa đơn, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo lệnh điều động nội bộ. Các chi nhánh của công ty có hoạt động trung chuyển hàng hóa giữa các chi nhánh với nhau thì sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển hàng hóa nội bộ và sử dụng hóa đơn của công ty. Các chi nhánh phải lập thông báo phát hành gửi đến cơ quan thuế địa phương nơi chi nhánh đặt trụ sở theo quy định.

Theo công văn số 5166/CT-TTHT do cục thuế thành phố Hồ Chí Minh ban hành ngày 09/07/2012, về nguyên tắc khi lập hóa đơn công ty phải ghi tên đầy đủ hoặc tên viết tắt theo giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế. Trường hợp công ty in hóa đơn từ phần mềm bị giới hạn 35 ký tự nên không thể ghi đầy đủ tên công ty và địa chỉ công ty trên hóa đơn, thì có thể ghi tắt nhưng phải đảm bảo vẫn xác định được đúng tên công ty, địa chỉ của công ty. Công ty được viết tắt thành “Cty”, “Phường” thành “P” và “Quận” thành “Q”.

Theo công văn số 3000/TCT-KK do Tổng Cục Thuế ban hành ngày 21/08/2012, trường hợp các chi nhánh hạch toán phụ thuộc công ty đặt tại các tỉnh, thành phố, thực hiện quyền phân phối sản phẩm của công ty sản xuất; các chi nhánh không có con dấu, không có tư cách pháp nhân có thể sử dụng chung con dấu của công ty để thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng của doanh nghiệp, kể cả chức năng đại diện theo ủy quyền và không phải thực hiện đăng ký để được cấp mã số thuế 13 số (do đối với doanh nghiệp 100% vốn đầu tư nước ngoài, việc đăng ký thành lập chi nhánh không thực hiện theo quy định tại Nghị định số 43/2010/NĐ-CP ngày 15/04/2010 của Chính Phủ về đăng ký doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn). Từ ngày 01/07/2012, doanh nghiệp thực hiện theo Thông tư số 80/2012/TT-BTC ngày 22/05/2012 của Bộ Tài Chính hướng dẫn Luật quản lý thuế về đăng ký thuế.